Sebagai wujud siklus PPEPP dalam sistem penjaminan mutu, Lembaga Penjaminan Mutu (LJM) UMS melakukan Audit Mutu Internal (AMI), yang dilaksanakan dua kali dalam setahun. AMI Tengah Tahun 2019/2020 di Prodi Pendidikan Matematika dilakukan pada Jumat, 20 Februari 2020. LJM menugaskan dua auditor, yakni Rois Fatoni, S.T., M.Sc., Ph.D dan Sidiq Setyawan, S.I.Kom., M.I.Kom. Sedangkan auditi diwakili oleh Ketua Program Studi, Sekretaris Program Studi 1, Sekretaris Program Studi 2, dan Kepala Laboratorium Komputasi dan Pembelajaran Matematika.
Auditor mencatat Prodi Pendidikan Matematika telah mengintegrasikan hasil penelitian dalam proses pembelajaran, yakni pada mata kuliah Matematika Dasar, Persamaan Diferensial, dan Pengantar Analisis Real. Namun luaran skripsi mahasiswa yang berupa publikasi pada jurnal nasional bereputasi dan internasional masih harus ditingkatkan. Kebijakan terkait ini harus segera ditindaklanjuti oleh Prodi Pendidikan Matematika.
Fungsi penjamnan mutu telah berjalan dari awal proses pembelajaran, pelaksanaan, hingga evaluasi pembelajaran. Evaluasi dosen oleh mahasiswa (EDOM) telah dilakukan setiap semester dan hasilnya dianalisis untuk pijakan perbaikan kualitas pembelajaran. Hasil EDOM juga dapat digunakan untuk melakukan peninjauan RPS. Bentuk interaksi dosen, mahasiswa dan sumber belajar juga telah dilakukan secara daring oleh beberapa dosen dengan menggunakan LMS Schoology, tapi masih sebatas pada penyampaian materi. Prodi harus menghimbau dosen memanfaatkan LMS sampaiĀ ke tahap asesmen ke mahasiswa.