Universitas Muhammadiyah Surakarta telah memiliki lembaga untuk melaksanakan Sistem Penjaminan Mutu (SPM) yang disebut Lembaga Penjaminan Mutu (LJM). Pembangunan, pelaksanaan, dan pengembangan sistem SPM di UMS  diperankan oleh LJM di tingkat Universitas. LJM memiliki Gugus Penjaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas dan di tingkat PS yang bertugas membantu LJM dalam memonitor dan melakukan pendampingan terhadap fakultas/Prodi dalam meningkatkan kualitas akademik.

Pelaksanaan SPM di UMS menggunakan model PDCA (Plan, Do, Check, Action), dan diperbarui dengan model PPEPP (Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi Pelaksanaan, Pengendalian Pelaksanaan, dan Peningkatan Standar).

Berbagai aktivitas penjaminan mutu dilaksanakan secara terstruktur dan dapat diakses pada website Lembaga Penjaminan Mutu UMS.