Untuk meningkatkan kapasitas institusi, Program Studi Pendidikan Matematika FKIP UMS menjalin kerjasama dengan berbagai instansi di berbagai wilayah Indonesia. Salah satu bentuk kerjasama tersebut adalah kerjasama di bidang pengajaran dan pengabdian kepada masyarakat dalam bentuk KKN Pendidikan maupun KKN Muhammadiyah untuk negeri.

Pada periode Agustus 2017, KKN dilaksanakan bekerjasama dengan universitas muhammadiyah di berbagai wilayah Indonesia, di antaranya:

Universitas Muhammadiyah Mataram

STKIP Muhammadiyah Bangka Belitung

Universitas Muhammadiyah Sumatera Utara

Universitas Muhammadiyah Pontianak

Universitas Muhammadiyah Palembang